Het Nederlands-Israëlitisch Kerkgenootschap betuigt diepe gevoelens van medeleven met de Rooms-Katholieke Kerk vanwege de dood van paus Johannes Paulus II. Deze paus heeft meer dan enige andere paus bijgedragen aan de toenadering tussen de beide geloofsgemeenschappen. De relaties tussen de Rooms-Katholieke kerk en het Jodendom werden gedurende zijn pontificaat aanzienlijk verbeterd en versterkt.
Het meer dan 25 jaar durende pontificaat heeft voor de Joodse gemeenschap diepe betekenis gekregen door zijn bezoek aan de grote synagoge van Rome in 1986, en zijn bezoek aan Israël in 2000. In het enkele dagen na zijn dood gepubliceerde testament van de paus vormt de toemalige opperrabbijn van Rome, dr Elio Toaff een van de twee met name genoemde personen aan wie de paus dank uitbrenkt. De andere, nog levende was zijn persoonlijk secretaris.
In het Holocaustcentrum Yad Vashem en bij de Tempelmuur in Jeruzalem sprak de paus zich in woord en daad uit over hetgeen het Joodse volk gedurende de eeuwen door de kerk, daardoor gevoed of daarop gebaseerd, was aangedaan. Woorden van spijt en een verzoek om vergiffenis, juist aan de Tempelmuur, werden door hem geuit. Nadien heeft de paus verscheidene malen groepen Joodse leiders ontvangen, waaronder naast opperrabbijn Toaff ook diens opvolger Ricardo diSegni van Rome. Vorig jaar ontving de paus de Israelische opperrabbijn Jona Metzger. Diens voorganger opperrabbijn Israel Meir Lau ontmoette de paus verscheidene malen. In 1979, kort na zijn aantreden, bezocht de paus Auschwitz.
Het respect dat de paus toonde voor het Jodendom bleek al in de tijd dat hij kapelaan was. Karol Wojtyla, de latere paus Johannes Paulus II, weigerde in 1946 een Pools-joods kind te dopen.
Shachne Berger, nu een gelovige joodse man, was in de Tweede Wereldoorlog als 2-jarig kind ondergebracht bij een katholiek echtpaar in Krakau. Zijn ouders werden door de nazi’s vermoord. Na de oorlog wilde het paar dat Shachne ook katholiek werd en vroeg de parochiepriester om het jongetje te dopen. Die priester, Wojtyla, vroeg of de omgekomen ouders het met de doop eens geweest zouden zijn. Toen Wojtyla vernam dat zulks niet het geval was, nam hij de voor die tijd in Polen opmerkelijke beslissing, uit respect voor de joodse ouders, het kind niet te dopen.
Het besluit van de paus om in zijn testament, als een van de twee enige met name bedankte personen, de opperrabbijn van Rome te noemen, is een duidelijke boodschap aan zijn opvolger om door te gaan met de onder Johannes Paulus II ingezette opening naar het Jodendom. Dat zegt de voormalige opperrabbijn van Rome, Elio Toaff, naar wie de paus in zijn testament verwees.
Toaff verwelkomde de paus toen deze zijn historische bezoek bracht aan de grote synagoge van Rome in 1986. Toaff, die bij zijn ontmoetingen met de paus door hem in omhelzingen werd begroet, toonde zich verbaasd in het testament te zijn genoemd. De oude opperrabbijn noemt het “een zeer bijzondere en bewogen daad van de paus. Het is een belangrijke en oprechte daad van goede wil jegens de Joden. Maar het is ook een indicatie aan het adres van zijn opvolger en aan de hele katholieke wereld.” Volgens Toaff heeft de overleden paus hiermee de weg willen wijzen om verdere obstakels weg te nemen die joden en christenen zo lang gedurende eeuwen hebben verteld.
Toch blijven er controversiële zaken in de relatie tussen de kerk en het Jodendom. Er was bij de paus spijt en verontschuldiging voor wat Christelijke gelovigen het Joodse volk hadden aangedaan, niet voor wat de kerk daarin voor rol had gespeeld. Johannes Paulus II verdedigde paus Pius XII die er van is beschuldigd stil te zijn gebleven terwijl de Shoa zich afspeelde. Het proces van heiligverklaring van Pius IX dat onder de Poolse paus werd ingezet, leidde ook tot wrevel wanneer men zich realiseert dat het om een van de meest anti-Joodse pausen in de moderne geschiedenis gaat. Ook de onderscheiding aan Kurt Waldheim en de herhaalde bezoeken aan de paus en de zegeningen die Arafat van hem kreeg, kunnen niet op veel enbthousiasme in de Joodse wereld rekenen maar vervagen snel bij de gedachten wat de paus wèl heeft gedaan ter verbetering van de relaties met het Jodendom.